A história da ENUT inicia-se com a criação do Curso de Graduação em Nutrição em 20 de dezembro de 1978 que admitiu a primeira turma de alunos em agosto de 1979. Inicialmente vinculado à Escola de Farmácia, o Departamento de Nutrição - DENUT - adquiriu autonomia didática em maio de 1982 com a criação do Colegiado do Curso de Nutrição, paralelamente à inauguração das suas instalações próprias, no campus Morro do Cruzeiro.
A autonomia administrativa ocorreu em 13 de dezembro de 1994, por meio da Resolução CUNI nº 255, com a criação da Escola de Nutrição, que passou a constituir uma nova Unidade da Universidade Federal de Ouro Preto, e a instituição do Departamento de Alimentos (DEALI) e do Departamento de Nutrição Clínica e Social (DENCS).
Em 2009, a Escola de Nutrição passou a oferecer também o curso de Bacharelado em Ciência e Tecnologia de Alimentos que admitiu a primeira turma de alunos em agosto do mesmo ano.
Em 2010, iniciou-se o Programa de Pós-Graduação em Saúde e Nutrição, que atualmente oferece mestrado e doutorado acadêmico na área de Saúde e Nutrição.
Além de dependências administrativas, a ENUT dispõe de salas de aula, auditório, biblioteca, laboratórios de aulas práticas e laboratórios multiusários de pesquisa utilizados em atividades de ensino, pesquisa e extensão, além de um laboratório de informática.
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